ใน Ubuntu ไฟล์แมเนจ์อร์เริ่มต้นคือ Nautilus ซึ่งยังจัดการวาดเดสก์ท็อปและไอคอน เช่น โฟลเดอร์ ไฟล์ ไฟล์บีบอัด และสื่อเก็บข้อมูลพกพา Nautilus แสดงไอคอนคอมพิวเตอร์ โฟลเดอร์บ้าน ไอคอนเครือข่าย ถังขยะ และไอคอนโวล्यุมที่ mount เช่น CD/DVD ฮาร์ดดิสก์ภายนอก หน่วยความจำแบบฟลัช
แต่ในหลาย Distro (รวม Ubuntu) ตัวเลือกหลายอย่างปิดอยู่ และใน Preferences ของ Nautilus (ที่เป็นที่ตั้งค่าเพราะ Nautilus วาดเดสก์ท็อป) ไม่ดูเหมือนจะมีทางเปิด/ปิดได้ ขึ้นกับความชอบส่วนตัว
โชคดีที่ Linux ปรับแต่งได้ทุกอย่าง การเปลี่ยนพฤติกรรมนี้ไม่ยาก แค่ต้องใช้เทอร์มินอล (หรือ Run Dialog) และ Configuration Editor
ขึ้นกับเวอร์ชัน Linux ตัว Launcher ของ Configuration Editor อาจไม่อยู่ในเมนูแอปพลิเคชัน หากมี ให้เปิด (อยู่ในเมนู System Tools ภายใต้ Applications)

หรือเปิดผ่าน Run Dialog กด Alt-F2 พิมพ์ gconf-editor:

ทั้งสองวิธีเปิด Configuration Editor ซึ่งหน้าตาประมาณนี้:

เพื่อเข้าตั้งค่าไอคอนเดสก์ท็อป ต้องไปที่ Preferences ของ Nautilus คลิกสองครั้งโฟลเดอร์ apps ในแถบซ้าย จะแสดงรายการ Preferences ของโปรแกรมมากมาย

เลื่อนลงหา nautilus คลิกสองครั้ง จะแสดงตัวเลือก Nautilus ทั้งหมด

จะเห็นตัวเลือก เช่น compact_view, desktop, desktop-metadata, icon_view, list_view, preferences, sidebar_panels ตัวที่เราต้องการคือ desktop คลิกเลือก หน้าต่างขวาจะแสดงตัวเลือก Desktop ของ Nautilus ทั้งหมด

ขึ้นกับระบบ ช่องถูกบางอันจะถูกติ๊ก บางอันไม่ ภาพตัวอย่างมีเพียง volumes ถูกติ๊ก หมายถึงแสดงเฉพาะไดรฟ์ภายนอก หน่วยความจำ CD/DVD หากต้องการเปลี่ยน ให้ติ๊กช่องอื่นๆ ที่ต้องการ สามารถแสดงไอคอนคอมพิวเตอร์ โฟลเดอร์บ้าน เครือข่าย ถังขยะได้ ติ๊กทั้งหมดก็ได้ ในภาพตัวอย่างติ๊กทั้งหมดแล้ว

ติ๊กแต่ละช่อง ไอคอนจะปรากฏบนเดสก์ท็อปทันที ก่อนติ๊ก เดสก์ท็อปมีแค่ไอคอนโวล्यุม

หลังติ๊กครบ ไอคอนที่ซ่อนอยู่เดิมจะแสดงทั้งหมด

แค่นี้ก็จบ! บาง Distro เช่น Linux Mint สร้างเครื่องมือ GUI เพิ่มเติมทำให้ง่ายขึ้น แต่ด้วยความรู้พื้นฐาน การเปลี่ยนการตั้งค่าไอคอนเดสก์ท็อป (และอีกมากมาย) ผ่าน Configuration Editor ไม่ยากเลย