หนึ่งในข้อเสียเปรียบหลักของ FTP สำหรับการถ่ายโอนไฟล์คือการขาดการป้องกันและการเข้ารหัสสำหรับข้อมูลที่ถ่ายโอน เมื่อเชื่อมต่อกับชื่อผู้ใช้และรหัสผ่านของเซิร์ฟเวอร์ FTP จะถูกส่งเป็นข้อความธรรมดาด้วย ในการถ่ายโอนข้อมูล (โดยเฉพาะการใช้ช่องทางการสื่อสารสาธารณะ) ขอแนะนำให้ใช้โปรโตคอลที่มีความปลอดภัยมากขึ้น