ในส่วนนี้ เราจะมาดูกันว่าอะไรคือความแตกต่างระหว่างต้นไม้ที่รูทแล้วกับต้นไม้ที่ยังไม่รูท ในตอนแรก เราจะเห็นตัวอย่างบางส่วนของต้นไม้ที่ทำการรูทแล้วและยังไม่ได้ทำการรูท
ตัวอย่างต้นไม้ที่รูทแล้ว −
ตัวอย่างของ Unrooted Tree −
ความแตกต่างพื้นฐานระหว่างต้นไม้ที่รูทแล้วและไม่ได้รูท
ในต้นไม้ที่รูทแล้ว แต่ละโหนดที่มีลูกหลานแสดงถึงบรรพบุรุษร่วมกันที่อนุมานล่าสุดของลูกหลาน ในต้นไม้บางชนิด อาจตีความความยาวของขอบเป็นการประมาณเวลา
สำหรับต้นไม้ที่ไม่ได้ทำการรูทนั้นจะไม่มีรากของบรรพบุรุษ ต้นไม้ที่ไม่ได้ทำการรูทแสดงถึงลำดับการแตกแขนง แต่ไม่ได้ระบุรากของตำแหน่งของบรรพบุรุษร่วมกันคนสุดท้าย