มีข้อเสียของ Kerberos หลายประการ ดังนี้:
1. การโจมตีเดารหัสผ่าน (Password Guessing Attacks)
Kerberos ไม่สามารถแก้ปัญหาการโจมตีเดารหัสผ่านได้ หากผู้ใช้เลือกรหัสผ่านที่อ่อนแอ ผู้โจมตีอาจสามารถทำการโจมตีแบบออฟไลน์ด้วยพจนานุกรม (Offline Dictionary Attack) ได้สำเร็จ โดยพยายามถอดรหัสข้อความที่ได้มา ซึ่งถูกเข้ารหัสภายใต้คีย์ที่สร้างมาจากรหัสผ่านของผู้ใช้ เป้าหมายคือการออกแบบโปรโตคอลยืนยันตัวตนผู้ใช้ที่ไม่ไวต่อการโจมตีเดารหัสผ่าน โดยวัตถุประสงค์หลักคือกำจัดการโจมตีประเภทนี้
2. การปลอมแปลง KDC (KDC Spoofing)
นี่คือการโจมตีที่พัฒนาจากความสามารถในการปลอมแปลงการตอบสนองของ KDC (Key Distribution Center) ตามนิยามของโปรโตคอล Kerberos การปลอมแปลงการตอบสนองของ KDC ไม่ควรเป็นปัญหาด้านความปลอดภัย จริงๆ แล้ว Kerberos ถูกออกแบบมาเพื่อทนทานต่อเครือข่ายที่ไม่น่าเชื่อถือ
การปลอมแปลง IP (IP Spoofing) เป็นสิ่งที่เกิดขึ้นในเครือข่ายที่ไม่น่าเชื่อถือ โปรโตคอล Kerberos ใช้การยืนยันตัวตนแบบสองทาง (Mutual Authentication) ต้องมีการพิสูจน์ตัวตนของผู้ใช้ปลายทางและเซิร์ฟเวอร์ ซึ่งให้การป้องกันการโจมตีแบบ Man-in-the-Middle
3. การโจมตีปฏิเสธบริการ (Denial of Service Attacks)
การโจมตีปฏิเสธบริการไม่ได้รับการแก้ไขด้วย Kerberos มีจุดในโปรโตคอลเหล่านี้ที่ผู้บุกรุกสามารถป้องกันแอปพลิเคชันไม่ให้เข้าร่วมกระบวนการยืนยันตัวตนที่เหมาะสมได้ การตรวจจับและแก้ไขการโจมตีแบบนี้ (ซึ่งบางอย่างอาจดูเหมือนโหมดการล้มเหลว "ปกติ" ของระบบ) มักเหมาะสมที่จะทิ้งไว้ให้การจัดการและผู้ใช้มนุษย์ดูแล
ผู้โจมตีสามารถทำการโจมตี DoS ได้โดยการส่งคำขอยืนยันตัวตนจำนวนมากไปยัง KDC ซึ่งอาจทำให้เวลาตอบสนองต่อคำขอที่ถูกต้องแย่ลง และในกรณีที่แย่ที่สุดอาจทำให้ KDC หยุดทำงาน (Crash) เพื่อป้องกันการโจมตี DoS วิธีหนึ่งคือวาง KDC ไหล่ファイร์ウォลล์ และใช้ KDC สำรอง (Slaves) ที่ซ้ำซ้อนเพื่อให้บริการคำขอและกระจายภาระงาน (Load Balancing)
4. การถูกโจมตีของเซิร์ฟเวอร์ KDC (Compromise of the KDC Server)
KDC จัดเก็บฐานข้อมูลที่เข้ารหัสของหลัก/ตัวยืนยัน (Principals/Verifiers) บางส่วน (เช่น ผู้ใช้และเซิร์ฟเวอร์) และคีย์ลับของพวกเขา หากความปลอดภัยของ KDC ถูกโจมตี ความปลอดภัยของเครือข่ายทั้งหมดจะถูกโจมตี แม้ว่าคีย์หลักจะถูกจัดเก็บในรูปแบบที่เข้ารหัสโดยใช้คีย์หลัก (Master Key) คีย์หลักเองก็ถูกจัดเก็บอยู่ใน KDC
ผู้โจมตีสามารถควบคุมเครือข่ายทั้งหมด สร้างหรือเปลี่ยนข้อมูลประจำตัวของหลัก (Principal) ใดๆ ได้ เพื่อป้องกันการโจมตีแบบนี้ ต้องรักษาความปลอดภัยของ KDC และจำกัดการเข้าถึง KDC ให้เฉพาะบุคลากรจำกัด
5. การถูกโจมตีของตัวยืนยัน/เซิร์ฟเวอร์ (Compromise of a Verifier/Server)
หากความปลอดภัยของเซิร์ฟเวอร์ถูกโจมตี บริการบางส่วนบนเซิร์ฟเวอร์นั้นจะถูกโจมตี ผู้โจมตีจะสามารถปลอมแปลงบริการใดๆ ที่ทำงานบนเซิร์ฟเวอร์ และถอดรหัสการสื่อสารใดๆ ระหว่างบริการกับไคลเอ็นต์/หลักได้ ความปลอดภัยของบริการที่ทำงานบนเซิร์ฟเวอร์ขึ้นอยู่กับความปลอดภัยของเซิร์ฟเวอร์ มาตรการความปลอดภัยของเซิร์ฟเวอร์ควรสัมพันธ์กับต้นทุนของบริการและทรัพยากรที่จัดเก็บอยู่บนเซิร์ฟเวอร์นั้น