ใช้ฟังก์ชัน TIMEDIFF():
mysql> SELECT TIMEDIFF('04:05:45', '03:05:45') AS 'Difference in Time';
+---------------------------------+
| Difference in Time |
+---------------------------------+
| 01:00:00 |
+---------------------------------+
คืนค่าความต่างในรูปแบบ TIME (HH:MM:SS)