การใช้ innerHTML ใน JavaScript มีข้อเสียดังนี้
ไม่มีการรองรับการเพิ่มเติม (append) โดยไม่ต้อง reparsing ทั้ง innerHTML ทำให้การเปลี่ยนแปลง innerHTML โดยตรงทำงานช้า מאוד
ตัวอย่างเช่น การเพิ่มเติมเข้าไปใน HTML tag จะต้องทำดังนี้
let myDiv = document.querySelector('#myDiv') // Reparses ทั้ง myDiv tag myDiv.innerHTML += '<p>Added new tag</p>'innerHTML ไม่มีการตรวจสอบความถูกต้อง (validation) ดังนั้นเราอาจแทรก HTML ที่ถูกต้องหรือเสียหายลงในเอกสารและทำให้มันพังได้