ไฟล์ตัวเลือก (Option Files) หรือที่เรียกว่ Configuration Files ให้วิธีง่ายๆ ในการระบุตัวเลือกที่ใช้บ่อยๆ โดยไม่ต้องพิมพ์ทุกครั้ง หลักการทำงาน โปรแกรม MySQL ส่วนใหญ่อ่านตัวเลือกเริ่มต้นจากไฟล์ตัวเลือก ตรวจสอบว่าโปรแกรมอ่านไฟล์ตัวเลือกได้ด้วย --help สำหรับ mysqld ใช้ --verbose --help ข้อความ