มีหลายเหตุผลจากความเป็นส่วนตัวไปจนถึงปัญหาส่วนตัว ที่ทำให้ผู้ใช้ต้องการปิดการใช้งาน Messenger Facebook เคยรายงานการรั่วไหลของข้อมูลซึ่งเป็นฝันร้ายสำหรับความเป็นส่วนตัว หรือการรับข้อความหลายพันข้อความต่อวันบน Messenger อาจไม่ใช่ประสบการณ์ที่ดีสำหรับผู้ใช้หลายคน

Messenger ผสานรวมอยู่ลึกในบัญชี Facebook และปัจจุบัน ไม่สามารถปิดการใช้งาน Messenger ได้โดยไม่ปิดการใช้งานบัญชี Facebook หากผู้ใช้ไม่ต้องการปิดบัญชี Facebook อาจเปลี่ยนสถานะออนไลน์ของ Messenger แทน (จะอธิบายทีหลัง)
ยังมีกรณีที่ผู้ใช้ปิดบัญชี Facebook แต่มาพบว่า Messenger ยังทำงานอยู่ และต้องการปิด Messenger ด้วย แม้บางคนคิดว่าการ uninstall แอป Messenger จะทำให้เสร็จสิ้น แต่เพราะผู้ใช้ต้องการ "ปิดการใช้งาน" (deactivate) ไม่ใช่ "ลบ" (delete) บัญชี แสดงว่าอาจกลับมาใช้ Messenger อีก และหากบัญชี Messenger ไม่ได้ถูกปิด การติดตั้งแอปใหม่อาจทำให้โดนข้อความท่วมท้น
ผลกระทบจากการปิดการใช้งาน Messenger
เมื่อ Messenger ของผู้ใช้ถูกปิดการใช้งาน โปรไฟล์จะ ไม่ แสดงใน ผลการค้นหา ของ Messenger หรือ Facebook และผู้ใช้คนอื่นจะ ไม่ สามารถ ส่งข้อความ ให้เขาได้ อย่างไรก็ตาม ข้อความ, ความคิดเห็น, แชท, รูปภาพ, วิดีโอ ฯลฯ ของผู้ใช้ จะยังคง มองเห็นได้ โดยผู้ใช้คนอื่น
ปิดการใช้งานบัญชี Facebook
ขั้นตอนแรกในการปิด Messenger คือ ต้องปิดบัญชี Facebook ก่อน (หากปิดไปแล้ว ข้ามส่วนนี้ได้) กระบวนการปิดบัญชี Facebook บน Android และ iPhone เกือบเหมือนกัน (อธิบายด้านล่าง) จำไว้ว่ากรณีบัญชี Facebook ธุรกิจ (business account) ต้องการสิทธิ์ระดับ admin เพื่อปิดบัญชี Facebook และ Messenger
- เปิดแอป Facebook และเปิด เมนู โดยแตะที่แถบแนวนอนสามแถบ
- ขยาย Settings & Privacy และเลือก Settings

- เปิด Personal and Account Information และแตะที่ Account Ownership and Control

- เลือก Deactivation and Deletion และเมื่อถาม ให้ใส่ รหัสผ่านบัญชี
- เลือก Deactivate Account และแตะ Continue to Account Deactivation

- เลือก เหตุผล สำหรับการปิดบัญชี (เช่น This is Temporary. I'll be Back) และแตะ Continue

- เลือกระยะเวลาการปิดการใช้งาน หรือเลือก Don't Reactivate Automatically
- แตะ Deactivate My Account และบัญชี Facebook จะถูกปิดการใช้งาน
ปิดการใช้งาน Messenger
หลังจากบัญชี Facebook ถูกปิดการใช้งานแล้ว ผู้ใช้สามารถดำเนินการปิด Messenger ต่อได้
- เปิดแอป Messenger และที่มุมซ้ายบน แตะที่ ไอคอนโปรไฟล์ผู้ใช้

- เปิด Legal and Policies (หรือ Privacy & Terms) และแตะ Deactivate Messenger

- ใส่ รหัสผ่านบัญชี และแตะ Continue

- แตะ ที่ Deactivate และ Messenger จะถูกปิดการใช้งาน

หาก ปุ่ม Deactivate ของ Messenger ไม่แสดง หรือทำงานไม่ได้ ให้ตรวจสอบว่า บัญชี Facebook ถูกปิดการใช้งานแล้ว และหากใช่ อาจ ติดตั้ง Messenger ใหม่ เพื่อให้ปุ่ม Deactivate ทำงาน หลังจากนั้นทำตามขั้นตอนข้างต้น
หากปุ่ม Deactivate ยังไม่แสดง/ทำงานไม่ได้แม้ติดตั้งใหม่แล้ว ให้ใช้ เว็บเบราว์เซอร์บน PC เข้าไปที่หน้า Settings ของ Facebook ไปที่แท็บ devices และแน่ใจว่า ยกเลิกการเชื่อมต่อ ทุกอย่าง (โทรศัพท์, PC, ฯลฯ) ยกเว้นอุปกรณ์ที่ใช้เข้าถึงเว็บไซต์ Facebook แล้ว ปิดการใช้งานบัญชี Facebook ผ่านเว็บไซต์ และแน่ใจว่า ปิด Messenger ด้วย โดย ยกเลิกการติ๊ก Keep Using Messenger ในขั้นตอนนั้น
หากผู้ใช้สร้าง บัญชี Messenger ด้วยเบอร์โทรศัพท์เพียงอย่างเดียว ต้อง สร้างบัญชี Facebook ด้วยเบอร์โทรศัพท์เดียวกัน ก่อน แล้วจึงทำตามคำแนะนำข้างต้นเพื่อปิด Messenger
ในกรณีของ Messenger Lite สามารถปิดการใช้งานผ่านเว็บไซต์ได้
ปิดสถานะ Active ใน Messenger (Disable Active Status)
บางผู้ใช้อาจไม่สะดวกปิดบัญชี Facebook เพื่อแค่ปิด Messenger ผู้ใช้กลุ่มนี้อาจ ปิดการแสดงเมื่อคุณออนไลน์ (Show When You Are Active)
- เปิดแอป Messenger และแตะที่ รูปโปรไฟล์ผู้ใช้

- เปิด Active Status และปิด Show When You're Active

- ยืนยัน เพื่อปิด Active Status
นอกจากนี้ ผู้ใช้กลุ่มนี้อาจ จำกัดเวลาใช้งาน (หากกังวลเรื่องเวลาที่ใช้กับ Messenger) ผ่าน Screen Time (iOS) หรือ Digital Wellbeing (Android)