ใน JavaFX แอปพลิเคชัน GUI ถูกสร้างขึ้นโดยใช้ Scene Graph ซึ่งเป็นโครงสร้างข้อมูลแบบต้นไม้ในแอปพลิเคชันกราฟิกส์สมัยใหม่ เป็นจุดเริ่มต้นของแอปพลิเคชัน และเป็นการรวบรวมโหนด (nodes)
เพื่อแสดงผลใน JavaFX คุณต้องสร้าง scene graph โดยใช้ nodes และตั้งค่าให้กับอ็อบเจ็กต์ของคลาส Stage ซึ่งเป็นคอนเทนเนอร์ระดับบนสุด
Node เป็นอ็อบเจ็กต์ภาพ/กราฟิกส์พื้นฐานของแอปพลิเคชัน JavaFX
- โหนดแต่ละตัวใน scene graph มี parent เดียว โหนดที่ไม่มี parent เรียกว่า root node
- โหนดทุกตัวมีลูก 1 ตัวขึ้นไป โหนดที่ไม่มีลูก เรียกว่า leaf node โหนดที่มีลูก เรียกว่า branch node
- อินสแตนซ์ของโหนดสามารถเพิ่มเข้า scene graph ได้เพียงครั้งเดียว โหนดของ scene graph สามารถมี Effects, Opacity, Transforms, Event Handlers, Application Specific States

ในแอปพลิเคชัน JavaFX คลาส javafx.scene.Scene จัดเก็บเนื้อหาทั้งหมดของ scene graph ขณะสร้าง Scene จำเป็นต้องระบุ root node เสมอ