การจัดเรียง (alignment) อาศัยข้อเท็จจริงว่า living organisms ทั้งหมดเชื่อมโยงกันโดย evolution (วิวัฒนาการ) ใช้ว่า nucleotide (DNA, RNA) และ protein sequences ของ species ที่ใกล้ชิดใน evolution ควรแสดง similarities สูงกว่า Alignment คือขั้นตอนการจัดเรียง sequences ให้ได้ maximal level of identity ซ