การจัดตำแหน่งขึ้นอยู่กับความจริงที่ว่าสิ่งมีชีวิตทั้งหมดสัมพันธ์กันโดยวิวัฒนาการ วิธีนี้ใช้ว่านิวคลีโอไทด์ (DNA, RNA) และชุดโปรตีนของสปีชีส์ที่อยู่ใกล้กันมากขึ้นในวิวัฒนาการต้องแสดงความคล้ายคลึงกันที่สูงขึ้น การจัดตำแหน่งเป็นขั้นตอนของการจัดเรียงลำดับเพื่อให้ได้ระดับความเหมือนกันสูงสุด ซึ่งกำหนดระด